הטמפרטורה לאפיית עוגות בתנור מנהרה נעה בדרך כלל בין 180 ל-220 מעלות צלזיוס, כאשר הטמפרטורה המדויקת משתנה בהתאם למותג, למתכון ולסוג תנור המנהרה.
בדרך כלל, אוויר חם בתוך תנור המנהרה מייצר חום דרך גופי חימום (כגון צינורות חימום קרמיים או תנורי אינפרא אדום רחוקים-), ממיס ומייבש את הסוכר על פני העוגה, וכתוצאה מכך קרום פריך וחלק פנימי לח. זמן האפייה הוא בדרך כלל בין 20 ל-35 דקות, משתנה בהתאם לגודל העוגה, עובי וסוג תנור המנהרה.
לפני האפייה יש להניח את העוגה בתבנית אפייה, אותה מכניסים לתנור המנהרה. יש להוסיף לתבנית כמות מתאימה של מים או חומר לחות אחר כדי למנוע מהעוגה להתייבש במהלך האפייה. במהלך האפייה יש לבדוק לעיתים תכופות את התקדמות העוגה, כגון האם המשטח יבש לחלוטין והאם חלה התקרמלות, ולהתאים את זמן האפייה והטמפרטורה לפי הצורך.
בקיצור, יש להתאים את הטמפרטורה והזמן לאפיית עוגות בתנור מנהרה בהתאם לנסיבות ספציפיות, ויש להתחשב בבטיחות והיגיינה בתהליך האפייה. בתהליך האפייה יש צורך בהתאמות ושינויים לפי הטעם וההעדפות האישיות ליצירת עוגה טעימה יותר.
